Η Συμβουλευτική Επιτροπή αποτελεί τον σύνδεσμο του Προγράμματος με τις τοπικές, περιφερειακές και εθνικές Αρχές. Λειτουργεί σαν χώρος ανταλλαγής πληροφοριών και ιδεών για τα μικρο-αποθέματα και τη μελλοντική συνέχισή τους και συμβάλει στην αύξηση της εκτίμησης των τοπικών κοινοτήτων, γενικότερα για τη διατήρηση της φύσης και ειδικότερα για τις διαχειριστικές προσπάθειες σε περιφερειακό και εθνικό επίπεδο.
Η Συμβουλευτική Επιτροπή απαρτίζεται από 9 μέλη: τον Συντονιστή του Προγράμματος (προεδρεύων), τον Διευθυντή του Μεσογειακού Αγρονομικού Ινστιτούτου Χανίων (ή τον αναπληρωτή του), τον Διευθυντή της Διεύθυνσης Δασών Χανίων (ή τον αναπληρωτή του), τον εκπρόσωπο του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Χωροταξίας και Δημοσίων Έργων, Τμήμα Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος, τον εκπρόσωπο του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, Γενική Δ/νση Δασών και Φυσικού Περιβάλλοντος και τέσσερις επίσημους εκπροσώπους των περιφερειακών και τοπικών Αρχών.
Ο ορισμός της Συμβουλευτικής Επιτροπής (ΣΕ) έγινε, με ευθύνη του Συντονιστή, τον Οκτώβριο του 2004.
Ο ρόλος της ΣΕ είναι συμβουλευτικός σε κάθε διοικητικό και τεχνικό θέμα με ιδιαίτερη έμφαση στην εκστρατεία πληροφόρησης και τις σχέσεις με τους τοπικούς πληθυσμούς και τις ομάδες ειδικού ενδιαφέροντος. Τα μέλη της ΣΕ βρίσκονται σε συνεχή, ανεπίσημη επαφή με τον Συντονιστή (ή τον Αναπληρωτή του) που είναι υπεύθυνος για την αποτελεσματική ενημέρωση της ΣΕ σε όλα τα σχετικά θέματα. Πραγματοποιήθηκαν 4 τακτικές συνεδριάσεις της ΣΕ.
Σύνθεση της Συμβουλευτικής Επιτροπής