Η λειτουργία της Επιστημονικής Επιτροπής συμβάλλει στην αναβάθμιση και βελτίωση του συντονισμού του Προγράμματος (καθώς οι κύριοι επιστήμονες και διαχειριστές του προγράμματος συναντώνται και θα συζητούν τακτικά στο πλαίσιο της ΕΕ). Συγχρόνως, η Επιστημονική Επιτροπή παρέχει συγκεκριμένη επιστημονική και τεχνική υποστήριξη στις βασικές αποφάσεις και αναφορές κατά την υλοποίηση του προγράμματος.
Η Επιστημονική Επιτροπή (ΕΕ) απαρτίζεται από 7 μέλη: τον Συντονιστή Προγράμματος (προεδρεύων), τον Αναπληρωτή Συντονιστή Προγράμματος, τον επίσημα διορισμένο Επιστημονικό Υπεύθυνο για κάθε έναν από τους 2 εταίρους (ΜΑΙΧ και ΔΔΧ) και 3 ειδικούς στη διατήρηση και διαχείριση φυτών.
Ο ορισμός της Επιστημονικής Επιτροπής έγινε με ευθύνη του Συντονιστή, τον Οκτώβριο του 2004.
Ο ρόλος της ΕΕ είναι συμβουλευτικός σε κάθε επιστημονικό και τεχνικό θέμα. Τα μέλη της ΕΕ βρίσκονται σε συνεχή, ανεπίσημη επαφή με τον Συντονιστή Προγράμματος (και τον Αναπληρωτή του).
Πραγματοποιήθηκαν πέντε επίσημες συνεδριάσεις της ΕΕ: Α. τον Φεβρουάριο 2005, λίγο πριν το ορόσημο «Απόφαση για τις 7 συγκεκριμένες περιοχές των πιλοτικών Μικρο- Αποθεμάτων Φυτών». Η απόφαση ελήφθη από την ΕΕ με βάση τα στοιχεία που προέκυψαν κατά τη διάρκεια της προπαρασκευαστικής δράσης Α1 (η παρουσίαση έγινε από τον Συντονιστή Προγράμματος ενώπιον της ΕΕ). Β. Τέσσερις επιπλέον φορές, για την έγκριση των Αναφορών που υποβλήθηκαν στην Ευρωπαϊκή Ένωση (Νοέμβριος 2005 – 1η Αναφορά Προόδου, Νοέμβριος 2006 – Ενδιάμεση Αναφορά, Μάιος 2007 – 2η Αναφορά Προόδου, Δεκέμβριος 2007 – Τελική Αναφορά).
Σύνθεση της Επιστημονικής Επιτροπής